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日本水泳連盟は3月16日、Tokyo 2020（東京五輪）代表選手選考会を兼ねた日本選手権の競技日程を発表した。当初は4月1日から8日まで計8日をかけて行われる予定だったが、新型コロナウイルス（COVID-19）の感染拡大を受け、無観客にするとともに4月2日から7日までの計6日間に短縮して実施される。
3月16日には同大会のエントリーも公開された。男子の瀬戸大也は五輪代表が内定している200m個人メドレーと400m個人メドレーのほかに、200mバタフライにもエントリーしたことが明らかになった。萩野公介は200m個人メドレー、400m個人メドレー、200m自由形にエントリー。女子の大橋悠依は200m個人メドレーと400m個人メドレーに加えて200mバタフライにエントリーした。
会場は東京都江東区辰巳の東京アクアティクスセンター。日本水泳連盟から発表されたスケジュールと競技順序は以下のとおり。
1日目：4月2日（木）
- 1 男子 400ｍ 個人メドレー 予選
- 2 女子 100ｍ バタフライ 予選
- 3 女子 400ｍ 個人メドレー 予選
- 4 男子 400ｍ 自由形 予選
- 5 女子 400ｍ 自由形 予選
- 6 男子 400ｍ 個人メドレー 決勝
- 7 女子 100ｍ バタフライ 決勝
- 8 女子 400ｍ 個人メドレー 決勝
- 9 男子 400ｍ 自由形 決勝
- 10 女子 400ｍ 自由形 決勝
2日目：4月3日（金）
- 11 女子 100ｍ 背泳ぎ 予選
- 12 男子 200ｍ 自由形 予選
- 13 女子 100ｍ 平泳ぎ 予選
- 14 男子 100ｍ 背泳ぎ 予選
- 15 男子 100ｍ 平泳ぎ 予選
- 16 女子 1500ｍ 自由形 予選
- 17 男子 200ｍ 自由形 決勝
- 18 女子 100ｍ 背泳ぎ 決勝
- 19 男子 100ｍ 背泳ぎ 決勝
- 20 女子 100ｍ 平泳ぎ 決勝
- 21 男子 100ｍ 平泳ぎ 決勝
3日目：4月4日（土）
- 22 女子 200ｍ 自由形 予選
- 23 男子 200ｍ バタフライ 予選
- 24 女子 200ｍ 個人メドレー 予選
- 25 男子 800ｍ 自由形 予選
- 26 女子 200ｍ 自由形 決勝
- 27 男子 200ｍ バタフライ 決勝
- 28 女子 200ｍ 個人メドレー 決勝
- 29 女子 1500ｍ 自由形 決勝
4日目：4月5日（日）
- 30 男子 100ｍ 自由形 予選
- 31 女子 200ｍ バタフライ 予選
- 32 男子 200ｍ 平泳ぎ 予選
- 33 女子 800ｍ 自由形 予選
- 34 男子 100ｍ 自由形 決勝
- 35 女子 200ｍ バタフライ 決勝
- 36 男子 200ｍ 平泳ぎ 決勝
- 37 男子 800ｍ 自由形 決勝
5日目：4月6日（月）
- 38 女子 100ｍ 自由形 予選
- 39 男子 200ｍ 背泳ぎ 予選
- 40 女子 200ｍ 平泳ぎ 予選
- 41 男子 200ｍ 個人メドレー 予選
- 42 男子 1500ｍ 自由形 予選
- 43 女子 100ｍ 自由形 決勝
- 44 男子 200ｍ 背泳ぎ 決勝
- 45 女子 200ｍ 平泳ぎ 決勝
- 46 男子 200ｍ 個人メドレー 決勝
- 47 女子 800ｍ 自由形 決勝
6日目：4月7日（火）
- 48 男子 100ｍ バタフライ 予選
- 49 女子 200ｍ 背泳ぎ 予選
- 50 女子 50ｍ 自由形 予選
- 51 男子 50ｍ 自由形 予選
- 52 男子 100ｍ バタフライ 決勝
- 53 女子 200ｍ 背泳ぎ 決勝
- 54 男子 50ｍ 自由形 決勝
- 55 女子 50ｍ 自由形 決勝
- 56 男子 1500ｍ 自由形 決勝